（更新时间：2023-11-24）

写在前面

近期，我们新开发的基因组挂载工具HapHiC在GitHub上公开了代码，相关论文的预印本也发布在了bioRxiv上，并有幸收到了大家热烈的反馈。然而，在这个过程中我发现虽然GitHub上已经有一份使用说明，许多朋友仍然对HapHiC的使用和原理不太了解。这可能是因为GitHub上的说明过于简单，而HapHiC的设计和参数又较为复杂的缘故。同时，越来越多的中国人加入到了基因组学研究的队伍中，并发表了大量高水平的研究成果。因此，我写下中文版的HapHiC系列教程与方法解读，供大家查阅和参考，希望能对HapHiC的用户有所帮助！

HapHiC的目标是成为一款通用、全能的染色体Hi-C scaffolding工具，以适用于各类动植物同源多倍体、异源多倍体、二倍体分型或不分型组装的染色体挂载，并在这个过程不依赖参考基因组的指导。尽管HapHiC已经在超过30个不同的基因组得到了验证，但是不同物种间基因组特征的差异、Hi-C技术的局限性、基因组组装的质量等因素都可能成为染色体挂载的阻碍。为此，我们在HapHiC设计了大量可以调整的参数。在很多时候，选择合适的方法和参数可大幅改善染色体挂载的效果。详细了解参数的原理可以使得您在调参的过程中游刃有余。抱着这个目标，我们一起开始阅读HapHiC的系列教程和方法解读吧！

我暂时将自己的个人博客（https://byteofbio.com/tag/HapHiC）作为持续更新HapHiC系列教程与方法解读的地方，本页面（https://byteofbio.com/archives/22.html）会随着相关文章的陆续上线随时更新。如果您查看的内容来自其他网站的转载将可能无法及时获取更新。待所有内容完成，我将会一起打包成PDF格式，并转移到更专业的网站。

HapHiC使用教程

• HapHiC的适用范围
• HapHiC的前置步骤（1）：基因组组装
• HapHiC的前置步骤（2）：Hi-C数据比对与过滤
• HapHiC一行命令搞定全流程
• HapHiC分步运行（1）：contig初步聚类
• HapHiC分步运行（2）：contig重新分配
• HapHiC分步运行（3）：contig排序
• HapHiC分步运行（4）：构建最终scaffolds
• HapHiC挂载结果的可视化

HapHiC方法解读

• HapHiC的总体流程和挂载单倍体分型基因组的策略
• HapHiC聚类前的预处理（1）：misjoin纠错算法
• HapHiC聚类前的预处理（2）：collapsed contig的过滤
• HapHiC聚类前的预处理（3）：chimeric contig的过滤
• HapHiC聚类前的预处理（4）：等位Hi-C links的过滤
• HapHiC对于长contig的处理
• HapHiC中contig的初步聚类和自动调参
• HapHiC中contig的重新分配和进一步聚类
• HapHiC中contig的排序：算法的整合与优化