增强子RNA（Enhancer RNA，eRNA）近期好像因为Nature Communications的一篇文章又火了一下，作者还甩出了一个叫eRic的数据库[1]，里面不仅整理好了TCGA各类癌症中鉴定到的eRNA，表达量，还关联上了病人的生存，甚至还有药物处理后的变化。临床和实验基础的课题组看到这篇文章说不准欢呼雀跃快马加鞭做起了功能机制研究。不过在做新方向课题之前，有没有好好想过，别人的分析真的靠谱吗？
先做一点简单eRNA背景介绍：（1）激活的增强子被发现通常会转录产生RNA，称作eRNA；（2）eRNA有个特征就是会双向转录（bidirectional transcription）；（3）根据双向转录这个特征，FANTOM5通过对808个人类组织或细胞（目前已经更新到了1829种）进行CAGE-seq（Cap Analysis of Gene Expression）鉴定了目前最“靠谱”的eRNA/激活的增强子数据集，并于2014年发表了一篇Nature [2]。为什么这里“靠谱”要用引号，本文的最后一节会有解释。
癌症疫苗靶向肿瘤细胞的抗原可以大致分为两类：肿瘤相关性抗原（tumor-associatied self-antigen）以及肿瘤特异性抗原（tumor-specific antigen）。前者指的是在正常体细胞中也存在，但肿瘤细胞中异常高表达的抗原；后者指的是因肿瘤特异性突变而产生的新抗原/新表位（neoantigen/neoepitope）。新抗原相比肿瘤相关性抗原拥有更强的特异性因此副作用更低，并且不受限于胸腺的中枢耐受。通过高通量测序可以获取大量的肿瘤特异性突变，基于这些突变预测新抗原在癌症的个性化免疫治疗方面有很广阔的应用前景。
I类主要组织相容性复合体（MHC class I）抗原的处理和呈递过程：（1）肿瘤特异性突变产生的突变蛋白会被蛋白酶体降解为8~11aa的肽段；（2）这些肽段被抗原加工相关转运体（TAP）转运进入内质网腔；（3）与新合成的MHC-I结合；（4）最终通过高尔基体转运至细胞膜被CD8+ T细胞识别。
本论文除了评测了ONT开发的4个basecaller以及1个第三方的basecaller以外，还对不同方法的自训练模型进行了较为系统的评估，是目前最详细的对Nanopore碱基识别软件（basecaller）的横向评测的研究，非常值得仔细阅读。文章于今年2月在预印本在线期刊bioRxiv上发表，作者是澳大利亚Monash University的Ryan Wick。