VAF,MAF,肿瘤纯度,MCF,CCF的概念和计算方法
VAF的概念和计算方法
VAF的全称是Variant Allele Frequency(变异等位基因频率)或Variant Allele Fraction(变异等位基因分数)。简单来说就是在基因组某个位点支持alternate/mutant allele的reads覆盖深度占这个位点总reads覆盖深度的比例。以VCF文件中的字段为例,其中DP代表Total Depth,AD代表Allele Depth,因此VAF的计算就是:
$$VAF = \frac{Allele\ Depth}{Total\ Depth} = \frac{AD}{DP}$$
VAF用得比较多的地方是在二倍体germline的genotyping中,杂合位点的VAF在高深度(比如depth>80)情况下应该接近50%;如果VAF接近0.25/0.75说明基因组上可能还有另一份拷贝。另一个应用场景就是癌症基因组的somatic genotyping。肿瘤组织、cfDNA、ctDNA、CTC genotyping的结果中会包含正常的allele(与正常体细胞一致)以及突变的allele,其中突变allele的所占的比例就是VAF。VAF可以用于推断肿瘤的异质性和肿瘤纯度,此外VAF的高低可能会影响癌症的预后。
MAF的概念和计算方法
MAF的全称是Minor Allele Frequency(次等位基因频率),是群体遗传学中的概念。MAF描述的是群体中丰度次高(第二高)的allele的频率。打个比方,在1000个人的群体中,某个位点有3种碱基类型:A、C、G。其中A碱基的频率是0.6,C碱基频率0.3,G碱基频率0.1,那么次等位基因频率指的就是C碱基的频率0.3。MAF可以用来区分某个allele是常见的多态性还是稀有变异。
要注意的是MAF在生物信息学中可能还指代Mutation Annotation Format、Multiple Alignment Format,也看到有人用mutant allele frequency表述VAF的概念,所以一定要注意区分。
肿瘤纯度的概念和计算方法
肿瘤纯度(tumor purity)指的是样本中肿瘤细胞占所有细胞的比例。因为取样过程很难保证取到的所有细胞都是肿瘤细胞,并且混杂的正常体细胞会对后续的分析产生影响(比如基因的表达水平),因此在生物信息学分析中最好计算肿瘤纯度并做相应的校正。常用的估算肿瘤纯度的生物信息学工具有:ABSOLUTE、PyClone、SciClone、EXPANDS、ESTIMATE等。
MCF的概念和计算方法
MCF(Mutant Cell Fraction)指的是包含某个SNV的细胞比例。在简化模型下——不考虑CNV,并且是二倍体杂合SNV的时候,MCF就是VAF的2倍:
$$MCF = VAF*2$$
CCF的概念和计算方法
CCF(Cancer Cell Fraction)指的是肿瘤细胞中包含某个SNV的细胞所占比例。CCF和MCF之间也可以换算,设肿瘤纯度为α,在不考虑CNV,并且是二倍体杂合SNV时:
$$CCF = \frac{MCF}{α}$$
您好, 刚刚入门, 完全是个小白,请问现在打算自学这些分析,有什么书可以推荐吗?我现在很多基础的概率不是很清楚, 比如vaf是如何算的, 如果不上网查, 是不知道怎么推到出来的, 请问有什么比较适合我的一些资源呀?谢谢
我的经验是多看多学多上手多思考,学会利用网络资源独立解决问题
辛苦博主,分享的都很有用
[...]VAF的概念。plotVaf函数可以将VAF最高的几个基因通过箱线图进行展示:[...]