HapHiC的适用范围
（更新时间：2023-11-26）物种、分类群我们的论文在动植物中对HapHiC进行了测试和验证，列表如下：学名俗名倍性单倍体分型Solanum tuberosum C88potato (马铃薯...
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基因组挂载工具HapHiC：系列教程与方法解读
（更新时间：2023-11-24）写在前面近期，我们新开发的基因组挂载工具HapHiC在GitHub上公开了代码，相关论文的预印本也发布在了bioRxiv上，并有幸收到了大家热烈的反馈。然而，在...
Python中通过lambda表达式构造更复杂的defaultdict
在Python中需要初始化字典的时候我一般会调用collections中的defaultdict来实现，这样可以减少代码行数，并且避免更复杂的逻辑判断，比如：a_list = ['a', 'b'...
BED文件也有可能是1-based坐标系？
众所周知，描述基因组中位置信息的坐标系通常有1-based和0-based之分。举个例子，要表示某条序列的前5个碱基，如下图的ATGCA，用1-based坐标系就应该是1-5，而0-based坐...
利用参考基因组进行scaffolding提高组装连续性的工具整理
在基因组de novo组装后，为了进一步提高组装连续性经常对初步组装结果进行scaffolding。这时候可以直接利用手头已有的二代PE/MP/BAC文库测序（SSPACE）、三代单分子测序（S...