一个迟到的2020回顾总结
2020年各行各业受到疫情的影响应该都比较大，搞科研的也不例外。年初做湿实验的长达一个多月无法正常返校工作，还面临各种进口试剂和实验用品减产和订购周期延长的问题。相比之下我们做生物信息学的算比较...
Xiaofei文章列表
Python中通过lambda表达式构造更复杂的defaultdict
在Python中需要初始化字典的时候我一般会调用collections中的defaultdict来实现，这样可以减少代码行数，并且避免更复杂的逻辑判断，比如：a_list = ['a', 'b'...
又一个坑，Linux中~(tilde)和$HOME的区别
一个sratoolkit的报错想到Linux中~和$HOME的区别这个问题，是因为在集群上安装了sratoolkit，在使用fastq-dump时遇到的一个报错：$ fastq-dump --s...
跟风做课题有风险，你研究的eRNA靠不靠谱？
增强子RNA（Enhancer RNA，eRNA）近期好像因为Nature Communications的一篇文章又火了一下，作者还甩出了一个叫eRic的数据库[1]，里面不仅整理好了TCGA各...
BED文件也有可能是1-based坐标系？
众所周知，描述基因组中位置信息的坐标系通常有1-based和0-based之分。举个例子，要表示某条序列的前5个碱基，如下图的ATGCA，用1-based坐标系就应该是1-5，而0-based坐...
救救孩子！Spearman、Pearson相关系数傻傻分不清？
因为最近博士后入职一堆事情，有一段时间没有更新文章了，内心充满罪恶感，这篇文章也在我草稿中躺了很久了。想起这个主题的起因是前几个月给大名鼎鼎Nature子刊审稿（其实是Scientific Re...
maftools使用方法总结以及常见问题
本文作为总结篇，将在这里对已经写过的几篇文章内容进行概括，可作为整个系列文章的目录，此外还有一些常见问题的解决方法。加上本篇目前一共写了5篇maftools相关文章，基本上按照整个官方文档使用T...
肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：CNV的可视化
Maftools系列文章：《maftools使用方法总结以及常见问题》《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：安装和文件格式要求》《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：突变数据...