HapHiC的适用范围
（更新时间：2023-11-26）物种、分类群我们的论文在动植物中对HapHiC进行了测试和验证，列表如下：学名俗名倍性单倍体分型Solanum tuberosum C88potato (马铃薯...
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基因组挂载工具HapHiC：系列教程与方法解读
（更新时间：2023-11-24）写在前面近期，我们新开发的基因组挂载工具HapHiC在GitHub上公开了代码，相关论文的预印本也发布在了bioRxiv上，并有幸收到了大家热烈的反馈。然而，在...
一个迟到的2020回顾总结
2020年各行各业受到疫情的影响应该都比较大，搞科研的也不例外。年初做湿实验的长达一个多月无法正常返校工作，还面临各种进口试剂和实验用品减产和订购周期延长的问题。相比之下我们做生物信息学的算比较...
Python中通过lambda表达式构造更复杂的defaultdict
在Python中需要初始化字典的时候我一般会调用collections中的defaultdict来实现，这样可以减少代码行数，并且避免更复杂的逻辑判断，比如：a_list = ['a', 'b'...
又一个坑，Linux中~(tilde)和$HOME的区别
一个sratoolkit的报错想到Linux中~和$HOME的区别这个问题，是因为在集群上安装了sratoolkit，在使用fastq-dump时遇到的一个报错：$ fastq-dump --s...
跟风做课题有风险，你研究的eRNA靠不靠谱？
增强子RNA（Enhancer RNA，eRNA）近期好像因为Nature Communications的一篇文章又火了一下，作者还甩出了一个叫eRic的数据库[1]，里面不仅整理好了TCGA各...
BED文件也有可能是1-based坐标系？
众所周知，描述基因组中位置信息的坐标系通常有1-based和0-based之分。举个例子，要表示某条序列的前5个碱基，如下图的ATGCA，用1-based坐标系就应该是1-5，而0-based坐...
救救孩子！Spearman、Pearson相关系数傻傻分不清？
因为最近博士后入职一堆事情，有一段时间没有更新文章了，内心充满罪恶感，这篇文章也在我草稿中躺了很久了。想起这个主题的起因是前几个月给大名鼎鼎Nature子刊审稿（其实是Scientific Re...