Xiaofei文章列表
2020年各行各业受到疫情的影响应该都比较大,搞科研的也不例外。年初做湿实验的长达一个多月无法正常返校工作,还面临各种进口试剂和实验用品减产和订购周期延长的问题。相比之下我们做生物信息学的算比较...
在Python中需要初始化字典的时候我一般会调用collections中的defaultdict来实现,这样可以减少代码行数,并且避免更复杂的逻辑判断,比如:a_list = ['a', 'b'...
一个sratoolkit的报错想到Linux中~和$HOME的区别这个问题,是因为在集群上安装了sratoolkit,在使用fastq-dump时遇到的一个报错:$ fastq-dump --s...
增强子RNA(Enhancer RNA,eRNA)近期好像因为Nature Communications的一篇文章又火了一下,作者还甩出了一个叫eRic的数据库[1],里面不仅整理好了TCGA各...
众所周知,描述基因组中位置信息的坐标系通常有1-based和0-based之分。举个例子,要表示某条序列的前5个碱基,如下图的ATGCA,用1-based坐标系就应该是1-5,而0-based坐...
因为最近博士后入职一堆事情,有一段时间没有更新文章了,内心充满罪恶感,这篇文章也在我草稿中躺了很久了。想起这个主题的起因是前几个月给大名鼎鼎Nature子刊审稿(其实是Scientific Re...
本文作为总结篇,将在这里对已经写过的几篇文章内容进行概括,可作为整个系列文章的目录,此外还有一些常见问题的解决方法。加上本篇目前一共写了5篇maftools相关文章,基本上按照整个官方文档使用T...
Maftools系列文章:《maftools使用方法总结以及常见问题》《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools:安装和文件格式要求》《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools:突变数据...
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