Xiaofei文章列表

肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：突变的数据分析

• 作者: Xiaofei
• 时间: 2019-06-07
• 分类: 技术分享

Maftools系列文章：《maftools使用方法总结以及常见问题》《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：安装和文件格式要求》《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：突变数据...

肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：突变数据下载和可视化

• 作者: Xiaofei
• 时间: 2019-06-07
• 分类: 技术分享

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肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：安装和文件格式要求

• 作者: Xiaofei
• 时间: 2019-06-07
• 分类: 技术分享

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VAF，MAF，肿瘤纯度，MCF，CCF的概念和计算方法

• 作者: Xiaofei
• 时间: 2019-06-06
• 分类: 技术分享

VAF的概念和计算方法VAF的全称是Variant Allele Frequency（变异等位基因频率）或Variant Allele Fraction（变异等位基因分数）。简单来说就是在基因组...

使用最小二乘法和梯度下降法进行线性回归分析

• 作者: Xiaofei
• 时间: 2019-06-01
• 分类: 技术分享

线性回归问题线性回归问题即已知一系列样本的自变量和因变量的值，求解以下方程中的各θj：$$h_θ(x) = θ_0 + θ_1x_1 + θ_2x_2 + \cdots + θ_nx_n$$设样...

生物信息学预测肿瘤新抗原（新表位）：软件和阈值的选择

• 作者: Xiaofei
• 时间: 2019-05-25
• 分类: 论文解读

癌症疫苗靶向肿瘤细胞的抗原可以大致分为两类：肿瘤相关性抗原（tumor-associatied self-antigen）以及肿瘤特异性抗原（tumor-specific antigen）。前者...

生物信息学就业前景如何、从业人员又当何去何从？

• 作者: Xiaofei
• 时间: 2019-05-18
• 分类: 随想杂谈

（本文为个人见解，仅供参考。内容主要针对在企业从事生物信息学分析的工作者，不讨论学校和其他科研单位。）生物信息分析的工作被很多人视为高大上——不需要做实验也能发文章、作为交叉学科门槛比较高、因为...

如何去除二代测序数据中的PCR duplication才科学？

• 作者: Xiaofei
• 时间: 2019-05-14
• 分类: 技术分享

最近听闻前公司和另一家公司A因为一个项目中二代测序数据PCR duplication的问题在扯皮。前公司比较两对Paired-end reads的第8~113bp区间内碱基是否完全相同（PE15...

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