利用参考基因组进行scaffolding提高组装连续性的工具整理
在基因组de novo组装后，为了进一步提高组装连续性经常对初步组装结果进行scaffolding。这时候可以直接利用手头已有的二代PE/MP/BAC文库测序（SSPACE）、三代单分子测序（S...
2019年4月
还用print在Python中debug吗？试试PySnooper吧！
print对很多人来说算是最常用的debug神器了，只需要在合适的地方插入print打印变量的值，就能判断代码在这个地方是不是还按照你的预期在运行。不过这也带来一些麻烦：首先需要找准位置，然后写...
Oxford Nanopore碱基识别（basecalling）软件性能大比拼
本论文除了评测了ONT开发的4个basecaller以及1个第三方的basecaller以外，还对不同方法的自训练模型进行了较为系统的评估，是目前最详细的对Nanopore碱基识别软件（base...
Python中列表的 += 和 .extend() 的异同
一道Python题最近有朋友“考”了我一个Python的题：使用+=和.extend()两种方法扩展元组中的列表会发生什么。虽然我对Python中的可变数据类型、不可变数据类型的概念都有较深的理...
awk命令坑了多少科研工作者？
著名“错误使用”案例——Excel的单元格格式之前看过一篇文章，讲述的是2016年发表在《Genome Biology》上的一项研究报道——Microsoft Excel中的单元格格式的自动转换...