Maftools系列文章:
上一篇文章《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools:突变数据下载和可视化》主要以TCGA-LUAD为例介绍突变数据和临床数据的下载、处理以及简单的可视化。这篇文章更详细介绍可以利用maftools对肿瘤MAF格式的突变数据做哪些分析。
还和上篇一样,先用maftools把数据读入
具体的数据下载和处理方法这里就不再赘述了,请移步上篇文章:《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools:突变数据下载和可视化》。这篇文章里,读入的临床数据终于可以派上用场了。
library(maftools)
luad <- read.maf(maf="TCGA.LUAD.maf", clinicalData="clinical.tsv")