生物信息学就业前景如何、从业人员又当何去何从？
（本文为个人见解，仅供参考。内容主要针对在企业从事生物信息学分析的工作者，不讨论学校和其他科研单位。）生物信息分析的工作被很多人视为高大上——不需要做实验也能发文章、作为交叉学科门槛比较高、因为...
Xiaofei文章列表
如何去除二代测序数据中的PCR duplication才科学？
最近听闻前公司和另一家公司A因为一个项目中二代测序数据PCR duplication的问题在扯皮。前公司比较两对Paired-end reads的第8~113bp区间内碱基是否完全相同（PE15...
利用参考基因组进行scaffolding提高组装连续性的工具整理
在基因组de novo组装后，为了进一步提高组装连续性经常对初步组装结果进行scaffolding。这时候可以直接利用手头已有的二代PE/MP/BAC文库测序（SSPACE）、三代单分子测序（S...
还用print在Python中debug吗？试试PySnooper吧！
print对很多人来说算是最常用的debug神器了，只需要在合适的地方插入print打印变量的值，就能判断代码在这个地方是不是还按照你的预期在运行。不过这也带来一些麻烦：首先需要找准位置，然后写...
Oxford Nanopore碱基识别（basecalling）软件性能大比拼
本论文除了评测了ONT开发的4个basecaller以及1个第三方的basecaller以外，还对不同方法的自训练模型进行了较为系统的评估，是目前最详细的对Nanopore碱基识别软件（base...
Python中列表的 += 和 .extend() 的异同
一道Python题最近有朋友“考”了我一个Python的题：使用+=和.extend()两种方法扩展元组中的列表会发生什么。虽然我对Python中的可变数据类型、不可变数据类型的概念都有较深的理...
awk命令坑了多少科研工作者？
著名“错误使用”案例——Excel的单元格格式之前看过一篇文章，讲述的是2016年发表在《Genome Biology》上的一项研究报道——Microsoft Excel中的单元格格式的自动转换...